Đặc điểm kiểu hình, sinh hóa và phân loại phân tử là các phương pháp được sử dụng trong nghiên cứu về vi sinh vật. Trong đó, định danh phân tử là phương pháp rất quan trọng, cho kết quả có độ tin cậy cao nhất trong nghiên cứu và chẩn đoán. Quá trình định danh phân tử cho các loài vi sinh vật sẽ được thực hiện hoàn chỉnh theo như mô tả dưới đây:
